La loi du 29 juillet 2009 sur le secret-défense, modifiant les articles 413-9 et suivants du Code pénal (voir article sur l’extension du secret-défense), à fait l’objet d’une QPC posée par l’avocat des parties civiles dans l’affaire Karachi, au juge antiterroriste Marc Trevidic. Ce dernier l’a transmise à la chambre de l’instruction de la cour d’appel de Paris, qui doit maintenant se prononcer dans un délai de 3 mois sur sa transmission au Conseil constitutionnel. Selon Me Morice, l’avocat à l’origine de la QPC, la législation actuelle en matière de secret-défense offre la possibilité à l’exécutif « d’intervenir de manière déterminante dans l’issue d’une procédure judiciaire. » Dans la mesure où la Commission consultative du secret de la défense nationale (CSSDN), autorité administrative indépendante chargée des demandes de déclassification temporaire des lieux classés secret-défense, n’aurait qu’un rôle consultatif, « la décision finale [de déclassification appartiendrait] au ministre saisi d’une demande, et donc au seul pouvoir exécutif. » « Le premier ministre, les ministres de la défense et du budget se sont substitués aux juges d’instruction dans le jugement de l’utilité et de la possibilité d’une mesure d’instruction » en refusant la déclassification de documents demandée par le juge chargé du volet financier de l’affaire Karachi, Renaud van Ruymbeke.