Concernant sa responsabilité, si le législateur organique pouvait, pour garantir l’indépendance du Défenseur des droits et de ses adjoints, prévoir qu’ils bénéficient d’une immunité pénale, il devait, dans la définition de l’étendue de cette immunité, concilier le but ainsi poursuivi avec le respect des autres règles et principes de valeur constitutionnelle et, en particulier, le principe d’égalité. Dès lors, l’immunité pénale reconnue au Défenseur des droits et à ses adjoints ne saurait s’appliquer qu’aux opinions qu’ils émettent et aux actes qu’ils accomplissent pour l’exercice de leurs fonctions ; elle ne saurait exonérer le Défenseur des droits et ses adjoints des sanctions encourues en cas de méconnaissance des règles sur les secrets protégés par la loi, et sur la protection des lieux privés. En outre, le Premier ministre nomme les adjoints du Défenseur des droits sur proposition de ce dernier ; l’indépendance du Défenseur des droits implique que le Premier ministre mette fin aux fonctions des adjoints sur la proposition du Défenseur des droits. Enfin, les conditions dans lesquelles la responsabilité disciplinaire des magistrats de l’ordre judiciaire peut être engagée sont prévues par l’article 65 de la Constitution ; dès lors, le Défenseur des droits ne peut être autorisé à donner suite aux réclamations des justiciables portant sur le comportement d’un magistrat dans l’exercice de ses fonctions. Ces réclamations ont pour seul effet de lui permettre d’aviser le ministre de la justice de faits découverts à l’occasion de l’accomplissement de ses missions et susceptibles de conduire à la mise en œuvre d’une procédure disciplinaire à l’encontre d’un magistrat.
Le Conseil constitutionnel a précisé qu’en érigeant le Défenseur des droits en « autorité constitutionnelle indépendante », la loi organique rappelle qu’il constitue une autorité administrative dont l’indépendance trouve son fondement dans la Constitution ; que cette disposition n’a pas pour effet de faire figurer le Défenseur des droits au nombre des pouvoirs publics constitutionnels.